流行性感冒潜伏期一般为1～7天，多为2～4天。
临床表现主要以发热、头痛、肌肉关节酸痛起病，体温可达39～40℃，常有咽喉痛、干咳、鼻塞、流涕等，可有畏寒、寒战、乏力、食欲减退等全身症状，部分患者症状轻微或无症状。流感病毒感染可导致慢性基础疾病加重。
儿童的发热程度通常高于成人，乙型流感患儿恶心、呕吐、腹泻等消化道症状也较成人多见。新生儿可仅表现为嗜睡、拒奶、呼吸暂停等。
老年人的临床表现可能不典型，常无发热或为低热，咳嗽、咳痰、气喘和胸痛明显；也可表现为厌食和精神状态改变。
无并发症者病程呈自限性，多于发病3～5天后发热逐渐消退，全身症状好转，但咳嗽、体力恢复常需较长时间。
肺炎是最常见的并发症，其他并发症有神经系统损伤、心脏损伤、肌炎和横纹肌溶解、休克等。儿童流感并发喉炎、中耳炎、支气管炎较成人多见。
1.流感病毒可侵犯下呼吸道，引起原发性病毒性肺炎。部分流感患者可合并细菌、其他病毒、非典型病原体、真菌等感染。合并金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌或侵袭性肺曲霉感染时，病情重，病死率高。
2.神经系统损伤包括脑炎、脑病、脊髓炎、吉兰-巴雷综合征（Guillain-Barre Syndrome）等，儿童多于成人，急性坏死性脑病更为凶险。
3.心脏损伤主要有心肌炎、心包炎。可见心肌标志物、心电图、心脏超声等异常，严重者可出现心力衰竭。此外，感染流感病毒后，心肌梗死、缺血性心脏病相关住院和死亡的风险明显增加。
4.肌炎和横纹肌溶解主要表现为肌痛、肌无力、血清肌酸激酶、肌红蛋白升高，严重者可导致急性肾损伤等。
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